NucleaRDB 2E5 FAX-1
2003, NucleaRDB.
HSSP WHAT IF Derived alignment.
AVAILABLE Free usage to everyone provided proper acknowledgements are made.
REFERENCE G. Vriend, J. Mol. Graph. (1990) 8, 52-56.
SEQLENGTH 419
NALIGN 2
REMARK : WARNING: This alignment was generated in a fully automated manner.
REMARK : It therefore highly likely that this alignment contains errors.
REMARK : We give no guarantees and can not be held responsible for errors.
REMARK : Small characters indicate where insertions in the sequences relative
REMARK : to the profile ocurred.
Date= 2002-04-18 18:39:45
NOTATION : NR : Number of the sequence in the database.
NOTATION : ID : Identifier of the sequence.
NOTATION : STRID : Not relevant in this case.
NOTATION : %ID : Percent of residues identical with the consensus sequence.
NOTATION : %SIM : Convolution of sequence with profile
NOTATION : IFIR,ILAS : Not used.
NOTATION : JFIR,JLAS : Not used.
NOTATION : LALI : Not used.
NOTATION : NGAP : Not used.
NOTATION : LGAP : Not used.
NOTATION : LSEQ2 : Total length of the seq.
NOTATION : SEQW : Weight of the seq.
## PROTEINS : EMBL/SWISSPROT identifier and alignment statistics
NR. ID %IDE %SIM IFIR ILAS JFIR JLAS LALI NGAP LGAP LSEQ2 ACCNUM SEQW PROTEIN
1 : P90892 1.00 1.00 0 0 0 0 0 0 0 419 P90892 1.0000 F56E3 -- Hypothetical 46.2 kDa protein (Nuclear hormone receptor FAX-1).
2 : Q9U4I0 1.00 1.00 0 0 0 0 0 0 0 419 Q9U4I0 1.0000 FAX-1 -- NUCLEAR HORMONE RECEPTOR FAX-1.
## ALIGNMENTS 1 - 2
SeqNo PDBNo AA STRUCT Gap-O Gap-E ACC NOCC VAR ....:....1....:....2....:....3....:....4....:....5....:....6....:....7
1 0 M 1.00 0.05 2 100 MM
2 0 S 1.00 0.05 2 100 SS
3 0 D 1.00 0.05 2 100 DD
4 0 E 1.00 0.05 2 100 EE
5 0 D 1.00 0.05 2 100 DD
6 0 E 1.00 0.05 2 100 EE
7 0 P 1.00 0.05 2 100 PP
8 0 L 1.00 0.05 2 100 LL
9 0 N 1.00 0.05 2 100 NN
10 0 F 1.00 0.05 2 100 FF
11 0 S 1.00 0.05 2 100 SS
12 0 T 1.00 0.05 2 100 TT
13 0 S 1.00 0.05 2 100 SS
14 0 K 1.00 0.05 2 100 KK
15 0 A 1.00 0.05 2 100 AA
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19 0 S 1.00 0.05 2 100 SS
20 0 K 1.00 0.05 2 100 KK
21 0 E 1.00 0.05 2 100 EE
22 0 G 1.00 0.05 2 100 GG
23 0 I 1.00 0.05 2 100 II
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25 0 G 1.00 0.05 2 100 GG
26 0 V 1.00 0.05 2 100 VV
27 0 R 1.00 0.05 2 100 RR
28 0 S 1.00 0.05 2 100 SS
29 0 I 1.00 0.05 2 100 II
30 0 F 1.00 0.05 2 100 FF
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39 0 P 1.00 0.05 2 100 PP
40 0 M 1.00 0.05 2 100 MM
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44 0 G 1.00 0.05 2 100 GG
45 0 V 1.00 0.05 2 100 VV
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50 0 I 1.00 0.05 2 100 II
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73 0 H 1.00 0.05 2 100 HH
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75 0 T 1.00 0.05 2 100 TT
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101 0 C 1.00 0.05 2 100 CC
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104 D003 V 8.00 0.40 2 100 VV
105 D004 C 8.00 0.40 2 100 CC
106 D005 G 8.00 0.40 2 100 GG
107 D006 D 8.00 0.40 2 100 DD
108 D007 V 8.00 0.40 2 100 VV
109 D008 S 8.00 0.40 2 100 SS
110 D009 S 8.00 0.40 2 100 SS
111 D010 G 8.00 0.40 2 100 GG
112 D011 K 8.00 0.40 2 100 KK
113 D012 H 8.00 0.40 2 100 HH
114 D013 Y 8.00 0.40 2 100 YY
115 D014 G 8.00 0.40 2 100 GG
116 D015 I 8.00 0.40 2 100 II
117 D016 L 8.00 0.40 2 100 LL
118 D017 A 8.00 0.40 2 100 AA
119 D018 C 8.00 0.40 2 100 CC
120 D019 N 8.00 0.40 2 100 NN
121 D020 G 8.00 0.40 2 100 GG
122 D021 C 8.00 0.40 2 100 CC
123 D022 S 8.00 0.40 2 100 SS
124 D023 G 8.00 0.40 2 100 GG
125 D024 F 8.00 0.40 2 100 FF
126 D025 F 8.00 0.40 2 100 FF
127 D026 K 8.00 0.40 2 100 KK
128 D027 R 8.00 0.40 2 100 RR
129 D028 S 8.00 0.40 2 100 SS
130 D029 V 8.00 0.40 2 100 VV
131 D030 R 8.00 0.40 2 100 RR
132 D031 R 8.00 0.40 2 100 RR
133 D032 R 8.00 0.40 2 100 RR
134 D033 L 8.00 0.40 2 100 LL
135 D034 I 8.00 0.40 2 100 II
136 D035 Y 8.00 0.40 2 100 YY
137 D036 R 8.00 0.40 2 100 RR
138 D037 C 8.00 0.40 2 100 CC
139 D038 Q 8.00 0.40 2 100 QQ
140 D039 A 8.00 0.40 2 100 AA
141 D040 G 8.00 0.40 2 100 GG
142 D041 T 8.00 0.40 2 100 TT
143 D042 G 8.00 0.40 2 100 GG
144 D043 N 8.00 0.40 2 100 NN
145 D044 C 8.00 0.40 2 100 CC
146 D045 V 8.00 0.40 2 100 VV
147 D046 V 8.00 0.40 2 100 VV
148 D047 D 8.00 0.40 2 100 DD
149 D048 K 8.00 0.40 2 100 KK
150 D049 A 8.00 0.40 2 100 AA
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155 D054 C 8.00 0.40 2 100 CC
156 D055 Q 8.00 0.40 2 100 QQ
157 D056 A 8.00 0.40 2 100 AA
158 D057 C 8.00 0.40 2 100 CC
159 D058 R 8.00 0.40 2 100 RR
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161 D060 K 8.00 0.40 2 100 KK
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163 D062 C 8.00 0.40 2 100 CC
164 D063 L 8.00 0.40 2 100 LL
165 D064 N 8.00 0.40 2 100 NN
166 D065 K 8.00 0.40 2 100 KK
167 D066 G 8.00 0.40 2 100 GG
168 D067 M 8.00 0.40 2 100 MM
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174 0 Q 1.00 0.05 2 100 QQ
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177 0 R 1.00 0.05 2 100 RR
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180 0 R 1.00 0.05 2 100 RR
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187 0 P 1.00 0.05 2 100 PP
188 0 A 1.00 0.05 2 100 AA
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196 0 F 1.00 0.05 2 100 FF
197 0 F 1.00 0.05 2 100 FF
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201 0 A 1.00 0.05 2 100 AA
202 0 G 1.00 0.05 2 100 GG
203 0 A 1.00 0.05 2 100 AA
204 0 V 1.00 0.05 2 100 VV
205 0 S 1.00 0.05 2 100 SS
206 0 A 1.00 0.05 2 100 AA
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220 0 P 1.00 0.05 2 100 PP
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242 340 S 8.00 0.40 2 100 SS
243 341 Q 8.00 0.40 2 100 QQ
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245 343 E 8.00 0.40 2 100 EE
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250 348 W 8.00 0.40 2 100 WW
251 349 A 8.00 0.40 2 100 AA
252 350 Q 8.00 0.40 2 100 QQ
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254 352 F 8.00 0.40 2 100 FF
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257 0 F 1.00 0.05 2 100 FF
258 0 T 1.00 0.05 2 100 TT
259 0 V 1.00 0.05 2 100 VV
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261 0 T 1.00 0.05 2 100 TT
262 447 N 8.00 0.40 2 100 NN
263 448 S 8.00 0.40 2 100 SS
264 449 E 8.00 0.40 2 100 EE
265 450 K 8.00 0.40 2 100 KK
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270 455 L 8.00 0.40 2 100 LL
271 456 T 8.00 0.40 2 100 TT
272 457 Q 8.00 0.40 2 100 QQ
273 458 W 8.00 0.40 2 100 WW
274 539 P 8.00 0.40 2 100 PP
275 540 R 8.00 0.40 2 100 RR
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278 543 C 8.00 0.40 2 100 CC
279 544 I 8.00 0.40 2 100 II
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283 548 E 8.00 0.40 2 100 EE
284 549 Q 8.00 0.40 2 100 QQ
285 550 A 8.00 0.40 2 100 AA
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## FULL FILE NAMES
1 F56E3 -- Hypothetical 46.2 kDa protein (Nuclear hormone receptor FAX-1).
2 FAX-1 -- NUCLEAR HORMONE RECEPTOR FAX-1.
//
